Sebagai salah satu lembaga pendidikan yang ada di Indonesia, pesantren memiliki ciri khas tersendiri. Dalam rekaman sejarah, pesantren telah memainkan perannya sebagai lembaga pendidikan jauh lebih awal sebelum lembaga-lembaga pendidikan tersebar dengan konsep klasikal.
Salah satu hasil penelitian menyebut bahwa pesantren bermula dari sistem pesantren yang diterapkan oleh orang-orang Hindu pra-Islam di wilayah Nusantara. Hal ini didasarkan pada temuan adanya keserupaan lembaga pendidikan dalam masyarakat Hindu dan Budha seperti di India, Myanmar, dan Thailand.
Pesantren di Indonesia baru diketahui keberadaan dan perkembangannya setelah abad ke-16. Di sini, istilah pesantren sendiri berasal dari akar kata santri dengan awalan “pe” dan akhiran “an” berarti tempat tinggal para santri. Zamakhsyari Dhofier dalam bukunya Tradisi Pesantren berpendapat, bahwa istilah santri berasal dari bahasa Tamil, yang berarti guru mengaji. Kemudian, pesantren dikenal sebagai lembaga yang mengajarkan berbagai kitab Islam klasik dalam bidang fikih, teologi, dan tasawuf.
Seiring perjalanan waktu, maka lahir pesantren-pesantren kuno dan besar yang telah berkembang menjadi pusat-pusat penyiaran Islam, seperti Syamsu Huda di Jembrana (Bali), Tebuireng di Jombang, Al Kariyah di Banten, Tengku Haji Hasan di Aceh, Tanjung Singgayang di Medan, Nahdatul Watan di Lombok, Asadiyah di Wajo (Sulawesi), dan Syekh Muhamad Arsyad Al-Banjar di Matapawa (Kalimantan Selatan) dan banyak lagi lainnya.
Dengan pendidikannya, berdasarkan rekaman sejarah, pesantren telah memainkan peranan penting dalam perkembangan masyarakat Nusantara hingga lahirnya Negara Indonesia. Terbukti, dengan kiai dan tokoh pesantren yang menjadi pelopor dan bagian dari gerakan kemerdekaan Indonesia.
Setelah Indonesia merdeka pun, pesantren masih mendapatkan tempat di hati masyarakat Indonesia karena terus memainkan peran strategisnya. Bahkan Ki Hajar Dewantara, yang dikenal sebagai tokoh Pendidikan Nasional sekaligus sebagai Menteri Pendidikan, Pengajaran, dan Kebudayaan R I yang pertama, menyatakan, bahwa pondok pesantren merupakan dasar pendidikan nasional karena sesuai dan selaras dengan jiwa dan kepribadian bangsa Indonesia.