Ketika jumlah santri terus bertambah banyak, pada 2006 pondok pesantren juga membuka jalur pendidikan formal lebih tinggi, yaitu Madrasah Tsanawiyah Al-Amin. Berikutnya juga dibuka jalur pendidikan Madrasah Aliyah (setingkat SMA). Untuk memayungi kegiatan pendidikan tersebut, maka didirikanlah yayasan yang diberi nama Yayasan Pondok Pesantren Al-Amin Dumai. Selain itu, juga dikembangkan pendidikan nonformal berupa Diniyah Awwaliyah dan Pengajian Kitab Kuning.
Berkat Jamur Tiram
Kini, fasilitas pendidikan di Pondok Pesantren Al-Amin tergolong lengkap, mulai dari asrama santri hingga gedung sekolah untuk RA, SDIT, MTs, dan MA beserta sarana dan prasarana yang memadai. Jumlah santri mukim sekitar 500 orang, belum termasuk santri kalong yang saban hari ikut ngaji atau belajar di pondok namun tidak tinggal di pondok.
Yang menarik, untuk mendukung kegiatan pesantren, sejak awal pengasuh pondok mencoba dengan membuka unit usaha sendiri. Pada 2005, misalnya, mulai dibuka kantin pondok dengan modal awal seadanya. Kantin ini dikelola oleh para santri. Bermula dari kantin ini, unit-unit usaha Pesantren Al-Amin akhirnya terus berkembang.