Pada September 2020, data menunjukkan jumlah santri yang positif Covid-19 mencapai ribuan, angka tepatnya 1.449. Sedangkan, pada Oktober 2020 tercatat 700 santri positif Covid-19 dan pada November 2020 mencapai 940 santri.
Berikut daftar 20 pondok pesantren yang menjadi klaster Covid-19:

- Pondok Baitul Izza, Cimahi, Jawa Barat (17 kasus).
- Ponpes Miftahul Huda Al Azhar, Banjar, Jawa Barat (14 kasus).
- Ponpes Unggul Al Bayan, Sukabumi, Jawa Barat (124 kasus).
- Ponpes Husnul Khotimah, Kuningan, Jawa Barat (46 kasus).
- Ponpes di Cianjur, Jawa Barat (35 kasus).
- Ponpes di Cianjur, Jawa Barat (14 kasus).
- Ponpes di Tasikmalaya, Jawa Barat (66 kasus).
- Ponpes Cipasung, Tasikmalaya, Jawa Barat (340 kasus).
- Ponpes di Bojongsari, Depok, Jawa Barat (40 kasus).
- Ponpes Ulin Nuha, Tegal, Jawa Tengah (12 kasus).
- Ponpes Nurul Hidayah, Kebumen, Jawa Tengah (124 kasus).
- Ponpes Al Ikhsan Beji, Banyumas, Jawa Tengah (328 kasus).
- Ponpes Anwarul Haromain, Trengalek, Jawa Timur (72 kasus).
- Ponpes di Cilacap, Jawa Tengah (348 kasus).
- Ponpes Darussalam Blok Agung, Banyuwangi, Jawa Timur (622 kasus).
- Al Izzah Boarding School, Kota Batu, (31 kasus).
- Ponpes Hasan Yamani, Polewali Mandar, Sulawesi Barat (176 kasus).
- Ponpes Assalifiyah, Polewali Mandar, Sulawesi Barat (151 kasus).
- Ponpes di kecamatan Toapaya, Bintan, Kepri (81 kasus).
- Ponpes Kaprak, Bantul, Yogjakarta (198 kasus).
207 Pengasuh
Sekjen Federasi Serikat Guru Indonesia (FSGI) Heru Purnomo, menambahkan, pemantauan terhadap pesantren yang diduga kuat berpotensi menjadi kluster baru dilakukan salah satunya karena di pondok pesantren aktivitasnya cenderung bersama-sama dalam waktu sangat lama, bahkan bisa dikatakan 24 jam.
“Kalau infrastruktur dan protokol kesehatan atau SOP adaptasi kebiasaan baru (AKB) tidak memadai dan rendahnya kedisiplinan untuk patuh pada protokol kesehatan, maka potensi penularan Covid-19 menjadi tinggi,” kata Heru dalam keterangannya. Karena itu, FSGI kemudian juga melakukan pemantauan terhadap pondok pesantren di sejumlah daerah yang sudah memulai pembelajaran tatap muka. Pemantauan dilakukan September sampai dengan November 2020.

اللهم سلمنا بهذا الفروس كورون