Setelah mengaji berbagai kitab kuning kepada banyak guru sebagai santri kelana, Kiai Masthuro akhirnya kembali dan menetap di Kampung Tipar yang tak jauh dari kampung kelahirannya. Untuk mengamalkan ilmunya, pada 1 Januari 1920, Kiai Masthuro mendirikan sebuah madrasah yang diberi nama Madrasah Ahmadiyah, yang merupakan cabang dari Madrasah Ahmadiyah yang ada di Kota Sukabumi.
Saat itu, Ahmadiyah di Sukabumi ini adalah nama lembaga pendidikan, bukan nama salah satu aliran dalam Islam. Pada 1941, saat madrasah yang didirikannya makin berkembang, Kiai Masthuro mengambil keputusan untuk memisahkan diri dari Ahmadiyah Sukabumi. Ia mengganti nama pesantren madrasah dengan Sekolah Agama Sirojul Athfal. Sesuai namanya, pesantren ini hanya untuk santri putra.
Setelah pulang dari Tanah Suci menunaikan ibadah haji, Kiai Masthuro mulai lebih memusatkan perhatian pada pendidikan pesantren, mengajar di sekolah mulai dikurangi, dan tugas-tugas di sekolah diserahkan ke murid-murid seniornya. Pada 1950, atas saran dan hasil musyawarah keluarga, Kiai Masthuro mendirikan sekolah baru dengan nama Sekolah Agama Sirojul Banat. Dengan demikian, pesantren yang dirintis Kiai Masthuro ini mulai menerima santri putra dan putri sekaligus, dengan dua nama madrasah, yaitu Madrasah Sirojul Athfal dan Sirojul Banat. Namun, masyarakat Sukabumi menyebutnya “Pondok Tipar”, karena lokasinya di Kampung Tipar.
Sejak itu, pesantren ini tumbuh pesat. Pada 1967 dan 1968, Kiai Masthuro mendirikan Madrasah Tsanawiyah Sirojul Athfal/Banat dan Madrasah Aliyah Sirojul Athfal/Banat. Namun, pada 1968 itu, Kiai Masthuro wafat. Untuk mengenang segala yang diwariskannya, kelak pada 1974, Pesantren Sirojul Athfal/Banat diubah menjadi Pesantren/Lembaga Pendidikan Islam Al-Masthuriyah.