Corak penafsiran keagamaan terutama pada nash Al-Qur`an maupun Hadis ikut berubah. Dengan penafsiran liberal, para filsuf Muslim menafsirkan tentang keabadian alam dengan berlandaskan ayat “…dan Arasy-Nya berada di atas air…”(Terjemah Q.S. 11:7).
Imam al-Ghazali membantah hal tersebut dengan mengatakan tidak mungkin alam yang termasuk makhluk dapat mengadakan dirinya sendiri. Di samping itu, ia mengatakan bahwa sesuatu di luar Allah dapat ada dengan sendirinya sama saja dengan menegasikan iradah atau kehendak Allah SWT dalam pengadaan alam tersebut (Al-Ghazali:1966, 75).
Corak penafsiran keagamaan ini berpengaruh pada bidang keilmuan lainnya karena orientasi yang ikut berubah. Ajaran yang dibawa oleh al-Ghazali dalam menangkal arus liberalisasi ilmu pengetahuan adalah dengan mengarahkan agar ilmu pengetahuan hanya tertuju pada faktor-faktor ketuhanan.
Dengan berpikir dalam lingkup transendental yang begitu kental sebagaimana yang dicetuskan al-Ghazali, maka inovasi sebagai suatu perubahan dapat terhambat. Sebagai contoh, dalam memahami sifat panas dari api, maka ajaran al-Ghazali akan memotret sifat panas tersebut sebagai sesuatu yang murni atas kehendak Tuhan. Sifat api akan dipahami bukan sebagai sifat mutlak yang melekat pada api, karena dalam kisah Nabi Ibrahim sifat panas dari api itu menghilang atas kehendak Allah.
Pemahaman seperti ini dapat membawa implikasi serius seperti pada stagnasi berpikir. Ini karena dengan menganggap bahwa sifat panas dari api itu tidak mutlak karena hanya berdasarkan kehendak mutlak dari Allah, maka gagasan untuk melahirkan bahan isolator tidak akan ditemukan. Gagasan penemuan bahan isolator yang dapat menangkal sifat panas dari api tersebut akan dipotret sebagai sesuatu yang menyalahi kodrat Tuhan, yaitu mentakdirkan apakah api akan panas ataukah tidak.
Contoh lainnya adalah potongan Surat Al-An’am ayat 59 yang berbunyi “…dan tidak ada sehelai daun pun yang gugur melainkan Dia mengetahuinya….”
Ayat ini jika dipotret dan bertolak dari pemahaman yang terlalu kental dengan unsur transendentalnya maka hanya akan menghasilkan pemahaman sempit dan terbatas. Ayat tersebut tidak akan dipahami selain sebagai ayat yang menandakan bukti kekuasaan Allah yang mengetahui segala hal, bahkan daun yang gugur sekalipun.
Jika dipotret dari sudut lain akan dipahami bahwa ayat tersebut menunjukkan adanya daya tarik bumi. Pemahaman yang tidak hanya berorientasi pada aspek teologis atau transendental akan melahirkan pertanyaan yang out of the box, seperti “mengapa Allah menyebut daun tersebut jatuh ke bawah?”
Dengan pertanyaan tersebut, maka pemikiran mengenai teori gravitasi dapat diekstrak dari ayat tersebut bukan hanya sekadar ayat yang menunjukkan kebesaran Allah semata. Adanya contoh tersebut menunjukkan bagaiman pemahaman dan penafsiran keagamaan sangat berpengaruh bagi pemikiran dalam hal keilmuan.
Ada ungkapan menarik antara korelasi agama dan ilmu pengetahuan sebagai salah satu produk peradaban yang berlaku terbalik di Barat dan Timur. Ungkapan tersebut adalah: “Barat maju karena mereka meninggalkan agama, sedangkan Timur mundur justru karena meninggalkan agama.”