Dalam diskursus keislaman, mencari ilmu atau tholanul ilmi menjadi kewajiban bagi semua umat muslim tanpa terkecuali. Selain menjadi kewajiban, mencari ilmu juga mempunyai banyak keutamaan, salah satunya disebutkan dalam Al-Qur’an bahwa orang yang berilmu akan dinaikan derajatnya oleh Alloh SWT. Dalam proses pendidikan ini tentunya tempat dimana mencari ilmu itu mempunyai peran penting bagi perkembangan dan pemahaman thullab. Salah satu tempat pendidikan agama Islam khas indonesia dan sudah mencetak banyak ulama adalah pondok pesantren.
Pondok pesantren merupakan salah satu pendidikan Islam tertua yang ada di Indonesia. Pertama kali dikenalkan oleh Wali Songo sekitar abad ke 15-16 M. Selama berabad-abad, lembaga pendidikan ini telah berkembang khususnya di Jawa. Maulana Malik Ibrahim (wafat 1419 M di Gresik Jawa Timur), yang dikenal Spiritual Father of Wali Songo, dalam masyarakat santri Jawa biasanya dipandang sebagai gurunya para guru dalam tradisi pesantren di Tanah Jawa. Selain Maulana Malik Ibrahim, Raden Rahmat atau yang kita kenal Sunan Ampel (1401-1481 M) juga mendirikan pesantren yaitu Ampel Denta.
Sejarah lisan (oral history) yang berkembang di masyarakat Nusantara memberikan indikasi bahwa pesantren-pesantren tua dan besar di luar Jawa juga memperoleh inspirasi dari ajaran Wali Songo. Meskipun akar dan embrio pesantren bisa ditelusuri sejak periode Wali Songo, lembaga pendidikan Islam ini dalam pengertian modern hanya bisa ditemukan pada abad ke-18 dan ke-19.
Pesantren dan Perjuangan Kemerdekaan
Dalam perkembangannya, hampir semua pesantren dalam masa kolonial bergerak menentang penjajah pada masa penjajahan Belanda. Sejarah mencatat pejuang-pejuang nasional dari kalangan pesantren, seperti Imam Bonjol, Pangeran Diponegoro, Pangeran Antasari, Sultan Agung, Sultan Babullah, Sultan Hasanuddin, Teuku Umar, Cut Nyak Dien, Cut Meutiah, dan sebagainya.
Pada masa pendudukan Jepang, sejarah juga menyaksikan heroisme kalangan pesantren dalam melancarkan pemberontakan untuk memaksa Jepang pulang ke negerinya. Para pejuang dari pesantren pada masa penjajahan Jepang (sekadar menyebut beberapa nama) ialah KH Muhasan, KH Zainal Mustofa, H Madras, H Kartiwa, dan KH Husain. Mereka didampingi para santrinya dalam melawan Jepang di daerah Singaparna, Tasikmalaya, Cirebon, dan Indramayu.