Kontak dengan Timur Tengah ini adalah kunci dalam menyebarkan bentuk-bentuk Islam yang lebih ketat ke Indonesia. Ketika Terusan Suez dibuka pada tahun 1869, tidak hanya perjalanan ke Eropa meningkat secara signifikan, tetapi kontak dengan pusat-pusat keagamaan di Timur Tengah juga meningkat. Tidak hanya jumlah jemaah haji Indonesia yang bertambah, tetapi juga semakin banyak orang Indonesia yang belajar di Mesir atau Arab Saudi. Sebaliknya para pendatang dari Arab mendirikan organisasi-organisasi yang dipengaruhi Salafi di Nusantara, misalnya Al-Irsyad (Persatuan Reformasi dan Bimbingan) dan Persatuan Islam (Persis) di Jawa Barat, keduanya mempromosikan pemurnian Islam.
Saat ini, hubungan ke Timur Tengah masih sangat penting bagi gerakan radikal kontemporer di Indonesia, baik untuk dukungan ideologis maupun dalam hal pendanaan.
Penindasan Setelah Indonesia Merdeka
Ketika Indonesia menjadi negara merdeka, kelompok-kelompok Muslim yang lebih konservatif di negara itu menjadi kecewa. Dalam pemerintahan sekuler Soekarno tidak ada ruang bagi negara Islam. Sebagian dari komunitas Muslim radikal Indonesia bergabung dengan pemberontakan Darul Islam yang bertujuan untuk mendirikan negara Islam di Indonesia. Gerakan ini dimulai pada tahun 1940-an tetapi akhirnya dihancurkan oleh militer Indonesia pada tahun 1962. Namun, segmen Darul Islam bergerak di bawah tanah dan akan menghasilkan dan menginspirasi gerakan radikal lainnya.