Beberapa organisasi radikal atau militan kontemporer yang menjadi sorotan setelah tahun 1998 adalah Majelis Mujahidin Indonesia, Front Pembela Islam, Jemaah Islamiyah, (sudah bubar), Laskar Jihad (Prajurit Jihad), dan Jamaah Ansharut Daulah (JAD). Semua organisasi ini memiliki tujuan yang sama untuk penerapan hukum syariat, anti-Barat, sementara anggotanya tidak menahan diri untuk menggunakan kekerasan untuk mencapai tujuan mereka. Fitur lain yang dimiliki oleh organisasi-organisasi radikal ini adalah latar belakang Arab dari para pendirinya atau fakta bahwa mereka terinspirasi oleh gerakan-gerakan radikal di Timur Tengah.
