Selama pemerintahan Orde Baru, suara-suara dan organisasi Muslim radikal didorong ke bawah tanah bahkan lebih parah ketika para aktivis dan militan Muslim dipenjara, seringkali tanpa pengadilan. Mereka dianggap sebagai ancaman bagi kekuatan politik Suharto. Beberapa, seperti Abdullah Sungkar dan Abu Bakar Ba’asyir (pemimpin Jema’ah Islamiyah), meninggalkan negeri itu untuk mencari nafkah di Malaysia. Kelompok-kelompok agama radikal yang tinggal di Indonesia terus bersembunyi dan sebagian besar terkonsentrasi di sekitar kampus universitas di kota-kota besar.
Radikalisme Muncul ke Permukaan
Ketika Presiden Suharto dipaksa turun dari jabatannya pada tahun 1998, yang menandakan dimulainya periode Reformasi, tiba-tiba tidak ada lagi pembatasan politik terhadap pendirian organisasi-organisasi Muslim (yang diilhami radikal). Banyak aktivis Muslim Indonesia dibebaskan dari penjara dan orang-orang radikal yang melarikan diri dari negara selama rezim Suharto, kembali ke rumah.
Sementara pada awalnya era Reformasi tampaknya menjadi periode yang menjanjikan bagi para garis keras ini, mereka akan segera kecewa lagi. Pada pemilu legislatif Indonesia 1999, partai-partai politik Islam yang ingin menjadikan Indonesia negara Islam itu mengalami kekalahan besar, hanya memperoleh suara yang relatif kecil. Oleh karena itu, seperti pada masa Orde Baru, masa Reformasi akan terus dipimpin oleh pemerintahan sekuler, sehingga tidak menjadi lahan subur bagi Islam politik, dan dengan demikian memaksa kaum radikal untuk menggunakan taktik ekstrim untuk mencoba membuat perbedaan. Ini menjelaskan mengapa insiden teroris memuncak pada tahun-tahun awal Reformasi.