Untuk memahami konteks hari ini, kita perlu sedikit menengok sejarah karena gerakan Islam radikal di Indonesia bukanlah fenomena baru tetapi sudah hadir sejak zaman kolonial. Dan salah satu ciri yang sangat penting adalah bahwa semua gerakan Muslim radikal di Indonesia, baik yang ada saat ini maupun yang ada di masa lalu berakar pada gerakan “reformasi” di Timur Tengah.
Wahhabisme, interpretasi yang sangat ketat yang bertujuan untuk kembali ke hakikat Islam yang sebenarnya seperti yang dipraktikkan pada zaman nabi Muhammad, didirikan oleh Muhammad ibn Abd al-Wahhab di Arab Saudi pada pertengahan abad ke-18. Pemurnian Islam akan memperkuat posisi Islam dari kekuatan Barat yang berkembang di seluruh dunia. Sekitar tahun 1800, haji Indonesia (Muslim yang telah berhasil menyelesaikan haji ke Mekkah) tiba kembali di Nusantara setelah haji, membawa ideologi Wahabi ini dan bertujuan untuk menghidupkan kembali Islam Indonesia. Bukan kebetulan Wahhabisme menyebar ke seluruh Nusantara pada masa ketika Belanda mulai memperluas peran politiknya di wilayah ini.
Gerakan radikal lain yang akan banyak berpengaruh di Indonesia adalah gerakan Salafi yang bermula dari Mesir pada akhir abad ke-19 (sebagai respons terhadap imperialisme Eropa Barat). Ideologinya pada dasarnya sangat mirip dengan Wahhabisme, menganjurkan kembalinya tradisi salaf (tiga generasi pertama Muslim, termasuk Nabi Muhammad) untuk mencari bentuk Islam yang murni.
Ideologi Salafi menolak inovasi agama dan mendukung penerapan syariat (hukum Islam). Gerakan ini sering dibagi menjadi tiga kategori, yaitu (1) puritan yang menghindari politik, (2) aktivis yang terlibat dalam politik, dan (3) jihadis yang menganjurkan perjuangan bersenjata untuk mengembalikan gerakan Islam awal. Sementara para jihadis ini sebenarnya merupakan minoritas, merekalah yang paling mendapat perhatian di media.
Kontak dengan Timur Tengah ini adalah kunci dalam menyebarkan bentuk-bentuk Islam yang lebih ketat ke Indonesia. Ketika Terusan Suez dibuka pada tahun 1869, tidak hanya perjalanan ke Eropa meningkat secara signifikan, tetapi kontak dengan pusat-pusat keagamaan di Timur Tengah juga meningkat. Tidak hanya jumlah jemaah haji Indonesia yang bertambah, tetapi juga semakin banyak orang Indonesia yang belajar di Mesir atau Arab Saudi. Sebaliknya para pendatang dari Arab mendirikan organisasi-organisasi yang dipengaruhi Salafi di Nusantara, misalnya Al-Irsyad (Persatuan Reformasi dan Bimbingan) dan Persatuan Islam (Persis) di Jawa Barat, keduanya mempromosikan pemurnian Islam.
Saat ini, hubungan ke Timur Tengah masih sangat penting bagi gerakan radikal kontemporer di Indonesia, baik untuk dukungan ideologis maupun dalam hal pendanaan.
Penindasan Setelah Indonesia Merdeka
Ketika Indonesia menjadi negara merdeka, kelompok-kelompok Muslim yang lebih konservatif di negara itu menjadi kecewa. Dalam pemerintahan sekuler Soekarno tidak ada ruang bagi negara Islam. Sebagian dari komunitas Muslim radikal Indonesia bergabung dengan pemberontakan Darul Islam yang bertujuan untuk mendirikan negara Islam di Indonesia. Gerakan ini dimulai pada tahun 1940-an tetapi akhirnya dihancurkan oleh militer Indonesia pada tahun 1962. Namun, segmen Darul Islam bergerak di bawah tanah dan akan menghasilkan dan menginspirasi gerakan radikal lainnya.
Selama pemerintahan Orde Baru, suara-suara dan organisasi Muslim radikal didorong ke bawah tanah bahkan lebih parah ketika para aktivis dan militan Muslim dipenjara, seringkali tanpa pengadilan. Mereka dianggap sebagai ancaman bagi kekuatan politik Suharto. Beberapa, seperti Abdullah Sungkar dan Abu Bakar Ba’asyir (pemimpin Jema’ah Islamiyah), meninggalkan negeri itu untuk mencari nafkah di Malaysia. Kelompok-kelompok agama radikal yang tinggal di Indonesia terus bersembunyi dan sebagian besar terkonsentrasi di sekitar kampus universitas di kota-kota besar.
Radikalisme Muncul ke Permukaan
Ketika Presiden Suharto dipaksa turun dari jabatannya pada tahun 1998, yang menandakan dimulainya periode Reformasi, tiba-tiba tidak ada lagi pembatasan politik terhadap pendirian organisasi-organisasi Muslim (yang diilhami radikal). Banyak aktivis Muslim Indonesia dibebaskan dari penjara dan orang-orang radikal yang melarikan diri dari negara selama rezim Suharto, kembali ke rumah.
Sementara pada awalnya era Reformasi tampaknya menjadi periode yang menjanjikan bagi para garis keras ini, mereka akan segera kecewa lagi. Pada pemilu legislatif Indonesia 1999, partai-partai politik Islam yang ingin menjadikan Indonesia negara Islam itu mengalami kekalahan besar, hanya memperoleh suara yang relatif kecil. Oleh karena itu, seperti pada masa Orde Baru, masa Reformasi akan terus dipimpin oleh pemerintahan sekuler, sehingga tidak menjadi lahan subur bagi Islam politik, dan dengan demikian memaksa kaum radikal untuk menggunakan taktik ekstrim untuk mencoba membuat perbedaan. Ini menjelaskan mengapa insiden teroris memuncak pada tahun-tahun awal Reformasi.
Beberapa organisasi radikal atau militan kontemporer yang menjadi sorotan setelah tahun 1998 adalah Majelis Mujahidin Indonesia, Front Pembela Islam, Jemaah Islamiyah, (sudah bubar), Laskar Jihad (Prajurit Jihad), dan Jamaah Ansharut Daulah (JAD). Semua organisasi ini memiliki tujuan yang sama untuk penerapan hukum syariat, anti-Barat, sementara anggotanya tidak menahan diri untuk menggunakan kekerasan untuk mencapai tujuan mereka. Fitur lain yang dimiliki oleh organisasi-organisasi radikal ini adalah latar belakang Arab dari para pendirinya atau fakta bahwa mereka terinspirasi oleh gerakan-gerakan radikal di Timur Tengah.