Sebelum berangkat ke Makkah, baik Syekh Ahmad Daud maupun Syekh Mukhtar sama belajar di Langkat dan di Kedah. Untuk sementara, saya menyimpulkan bahwa sanad keilmuan mereka terutama yang berhubungan dengan tarikat An-Naqsabanyiah tersambung pada Syekh Abdul Wahab Rokan di Langkat dan kepada Syekh Idris Air Hitam Kedah Malaysia.
Ada satu hal yang menbedakan mereka. Syekh Ahmad Daud pulang dari Darul Ulum Makkah bersamaan dengan kisruh Wahabi, sedangkan Syekh Mukhtar justru berangkat ke Makkah bertepatan dengan kisruh tersebut. Barangkali, itulah yang mempengaruhi pilihan Syekh Mukhtar dengan menerapkan sistem pendidikan modern untuk santri-santri muda dan pemula.
Sekembalinya dari Makkah, Syekh Mukhtar mendirikan Pondok Pesantren Sungai Dua. Sebagian menyimpulkan bahwa frasa Sungai Dua diambil dari tempat beliau untuk pertama kalinya belajar ilmu agama. Sebagian yang lain mengatakan bawah frasa Sungai Dua diambil dari fakta bahwa pondok tersebut diapit oleh dua sungai.
Di pesantren yang berdiri pada tahun 1935 itu, kepada santri yang sudah lebih dewasa dan dewasa ia menerapkan sistem sorogan dan wetonan. Sifat-sifat yang secara dzahir terlihat pada pembelajar yang meguru ke Langkat-Kedah-Makkah tersebut adalah bahwa mereka bukan hanya guru-murid, melainkan juga merupakan mursyid-khalifah.
Pondok Pesantren Al-Mukhtariyah yang lebih dikenal sebagai Pondok Pesantren Sungai Dua, meskipun mengalami modifikasi sedikit, pada masa kepemimpinan Syekh Mukhtar Harahap, melaksakan pengajian yang bersifat sorogan. Di pesantren yang berdiri pada tahun 1935 itu diajarkan berbagai aspek ilmu-ilmu keislaman, seperti tafsir, hadits, tauhid, fikih, akhlak/tasawuf, dan bahasa Arab.