Semangat kembali ke sistem lama muncul justru dari pimpinan yang saat ini memimpin pesantren. Qomaruzzaman Harahap nampaknya ingin mengembalikan khittah Pondok Pesantren Al-Mukhtariyah ke masa pendiriannya. Ayak Qomaruzzaman ingin secara gradual mengembalikan ruh dan semangat pesantren, yakni kemandirian kembali kepada dirinya, para guru, dan santri. Santri senior harus kembali belajar kitab-kita klasik sehingga memiliki intellectual genealogy dan mempelajari ilmu tasawuf, khususnya Naqsabandiyah sehingga memiliki mystical genealogy.
