Di sisi yang lain, Soetomo beranggapan bahwa bangsa Indonesia tidak perlu melirik bahkan meniru terhadap gagasan kebudayaan Barat seperti yang dilontarkan STA. Bagi Soetomo, bangsa ini telah memiliki khazanah sendiri yang lebih genuine yakni, khazanah pesantren.
Dengan sikap yang tegas, Soetomo tidak tinggal diam. Usaha melawan gagasan STA pun terus dilakukan. Soetomo yang membawa gagasan cinta tanah air mengatakan dengan penuh keyakinan bahwa sekolah modern bentukan kolonial hanya akan menciptakan kaum buruh. Di sisi yang lain, Soetomo juga menganggap pendidikan di sekolah akan menurunkan budi serta kemanusiaan dan hanya bermuara pada kesenangan jasmani.
Dengan sikap takzim pula, Soetomo menyebut para kiai dengan masyhur harum namanya, kepandaiannya, kealiamannya, kebijaksanaannya. Di pondok pesantren digunakan sebagai tempat berkumpulnya para pemuda dari berbagai daerah dan golongan untuk mendengar dan memerhatikan sabda sang guru yang menjadi pedoman bagi hidupnya. Terlebih, Soetomo menyebut pendidikan akan sempurna jika ilmu yang dipelajari akan dipraktikkan seperti yang ditemui di banyak pondok pesantren.
Tidak hanya mengajarkan ilmu lahir, para kiai dalam sorotan Soetomo juga menjadi penerang dunia batin yang dapat memimpin masyarakat menuju kehidupan tenteram dan damai. Hal tersebut yang menjadi urgensi bagi kehidupan. Pasalnya, sekolah modern garapan kolonial tidak mengenal perihal kebatian (baca: spiritualitas). Sehingga nantinya akan jatuh pada pusaran materialistik yang hanya berporos pada kesenangan duniawi.