Sebagai tokoh yang mencinta bangsa dan negaranya, KH Zaini Mun’im mencoba berbagai medan untuk mewujudkan perjuangannya: jaringan ulama, organisasi massa, dan lembaga pendidikan, yang dalam hal ini adalah pesantren.
KH Zaini Mun’im memang merasakan hidup di dua era, yaitu pra-kemerdekaan dan pasca-kemerdekaan. Melalui tiga medan perjuangan, Kiai Zaini memiliki peran dan kontribusi besar dalam perlawanan melawan penjajah.
Medan pertama yang dimanfaatkan Kiai Zaini adalah jaringan ulama. Kiai Zaini dikenal memiliki jaringan yang luas di kalangan ulama. Pria yang lahir di Pulau Madura ini berpindah tempat ke Pondok Pesantren Salafiyah Safi’iyah Sukorejo, Situbondo yang diasuh KH Syamsul Arifin. Kepindahannya ke Situbondo lebih disebabkan untuk menghindari kejaran penjajah serta mencari lokasi dakwah yang lebih aman.
Setelah itu, Kiai Zaini mempunyai inisiatif bersama temannya untuk pindah ke Yogyakarta. Namun, atas berbagai pertimbangan, Kiai Zaini akhirnya mengambil keputusan untuk tinggal di Paiton, Probolinggo. Tempat itu kini sudah menjadi salah satu pondok pesantren terbesar di Jawa Timur dengan jumlah santri mencapai 10.000 orang.
Dengan membangun pesantren di Paiton, Kiai Zaini mempunyai keluasan yang lebih dalam berjuang melalui cara dakwah di tempat aman dan lebih berpengaruh efektif. Saat itu, Kiai Zaini juga sudah mempunyai relasi yang luas, sehingga sempat berkunjung ke beberapa negara Asia dan Eropa untuk digunakan sebagai bekal perjuangannya di Indonesia. Negara yang pernah disinggahi Kiai Zaini seperti Arab Saudi, Jepang, Jerman, Italia, Prancis, dan Belanda.