Perjuangan dakwah Kiai Zaini pun sampai akhir hayatnya. Tiga hari sebelum wafat, Kiai Zaini masih menghadiri pengajian untuk memberikan mauidzatul hasanah di Gending, Probolinggo. Pada waktu pertengahan acara, Kiai Zaini merasa kurang enak badan, dan terpaksa meninggalkan acara pengajian. Setelah itu kesehatannha terus menurun, pada tanggal 26 Juli 1976 Kiai Zaini wafat. Allahummaghfirlahu.
