Kiai Abdulhalim lahir di Majalengka, Jawa Barat. Tak ada catatan tanggal dan tahun kelahirannya. Ia putra dari pasangan Muhammad Iskandar dan Siti Mutmainah, keluarga keturunan ulama Banten yang hijrah ke Majalengka untuk menunaikan tugasnya sebagai Penghulu Kawedanan Jatiwangi. Kiai bernama kecil Ahmad Syatori ini tak begitu lama menikmati kasih sayang ayahnya. Sang ayah harus pulang ke rahmatullah justru ketika ia masih di usia anak-anak, karenanya praktis ia hidup hanya di bawah asuhan sang ibunda.
Kehidupan sosial Jatiwangi yang kala itu sudah plural secara etnis dan agama mengantarkan Syatori menjalin pertemanan akrab dengan anak-anak Tionghoa hingga ia pandai berbicara bahasa China sehari-hari. Ia juga berteman dengan penganut agama non-Islam seperti Kristen, Hindu, dan Budha, di samping anak-anak muslim sendiri tentunya. Ia juga behubungan dekat dengan dan belajar membaca huruf Latin dan bahasa Belanda dari van Houven, seorang anggota zending Protestan yang tinggal di Cideres (central Protestan di Majalengka). Dari pergaulan akrab dengan kawan-kawannya yang majemuk itulah Syatori menimba ilmu dan pengalaman yang kelak ia patrikan sebagai gugus pikir dan kesadaran pluralistik dan multikultural.
Mirip seperti pengalaman Kiai Ikhsan Jampes (Kediri), sebagai contoh, yang menyukai wayang kulit; sejak masa mudanya, Syatori sangat gemar menonton pertunjukan wayang kulit yang waktu itu populer dan sering digelar di Jatiwangi dan sekitarnya. Beberapa tokoh pewayangan yang dilakonkan, demikian tutur beberapa sesepuh di Majalengka, begitu melekat di benak Syatori, seperti Semar sebagai representasi pembela rakyat jelata dan wong cilik yang tertindas, Krisno yang jenius, dan Merkudara yang tegas. Tokoh-tokoh itulah yang selalu diilustrasikan dalam dan menghiasi ceramah, dakwah, dan perbincangan lepasnya di kemudian hari tatkala ia menjadi kiai dan berganti nama menjadi Abdul Halim. Sebagai penggemar wayang kulit, Syatori rupanya juga larut menyenangi judi yang biasa menyertai pertunjukan wayang; ia dikenal sangat menguasai perjudian sitir dan domino dan selalu menang di setiap perjudian yang ia ikuti. Namun, entah mengapa, kebiasaan berjudi kecil-kecilan itu lalu ia tinggalkan, untuk selamanya, ketika menginjak usia remaja.
Sejak usia dini (sekitar 11 tahun), Syatori mulai belajar mengaji berpindah-pindah dari satu pesantren ke pesantren lain. Tercatat ada lima pesantren yang ia jelajahi selama kurang lebih 10 tahun untuk menimba ilmu, yakni pesantren Kiai Anwar di Kampung Ranji Wetan dan pesantren Kiai Abdullah Sindangjaya (keduanya di Majalengka), pesantren Kiai Sudja’ Bobos Cirebon, pesantren Kiai Ahmad Sobari di Ciwedus Kuningan, dan pesantren Kiai Agus di Kenayangan Pakalongan. Tidak ada catatan ilmu dan kitab apa saja yang ia kaji di lima pesantren yang terpencar di empat kebupaten tersebut.
Tidak puas dengan hasil nyantri itu, dua tahun setelah dinikahkan dengan Siti Murbiah, putri Kiai Muhammad Iyas, seorang Hoofd Penghulu Landraad (sekarang Kepala Kementerian Agama) Majalengka, Syatori di usia 22 tahun meninggalkan Nusantara untuk menimba ilmu di Masjidilharam, Makkah. Sebuah tempat, bagaikan kawah condrodimuka, di mana para ulama kepulauan Nusantara terkenal ditempa keilmuannya dan dibangun semangat intelektualnya. Masjidilharam, sejak abad ke-17 hingga pertengahan abad k-20, telah menjadi pusat transformasi keilmuan Islam dari sufisme yang mempertahankan doktrin-doktrin mistisisme-filosofis dan mendorong para sufi untuk pasif, tidak tertarik memikirkan duniwi ke arah neo-sufisme yang memadukan kedalaman dan kesalehan tasawuf dengan ketaatan aktivisme syariat.
Di Masjidilharam, Syatori berguru langsung kepada Syekh Ahmad Khatib Al Palimbani (dari Palembang) dan Syekh Ahmad Khayyat. Dan bersama teman-teman seniornya, di antara yang paling akrab (mukhalith) adalah Wahab Hasbullah (Jombang) dan Mas Mansur (Surabaya), Syatori mengkaji dan mendalami referensi kitab-kitab karya ulama terdahulu yang kala itu menjadi bacaan wajib bagi santri Masjidilharam, seperti karya-karya Syekh Nawawi Al Bantani (Banten), Syekh Abdus Shomad Al Palimbani (Palembang), Syekh Arsyad Al Banjari (Martapura), Syekh Yusuf Al Makassari (Makassar), di samping karya-karya Mumammad Abduh, Jamaludin Al Afghani, Al Ghozali, dan Ibnu Al Arabi.
Yang menarik adalah ketika Syatori pulang meninggalkan Masjidilharam. Entah apa yang mendorongnya, ia tidak langsung kembali ke Majalengka, tetapi singgah dulu beberapa tahun di Shantiniketan, Bangali Barat, India. Di kota itu, Syatori bertemu dengan Rabindranat Tagore, seorang sastrawan, dramawan, seniman, musikus, filsuf sekaligus praktisi pendidikan model alam bebas terbuka dan menjalin hubungan dekat, bahkan banyak belajar darinya. (Sebelum ke Shantiniketan, Tagore bersama ayahnya pernah melakukan perjalanan panjang ke seluruh India, belajar sejarah dan astronomi hingga akhirnya sampai di Shantiniketan pada 1901, tinggal di Ashram lalu mulai mendirikan sekolah alam terbuka, dengan pepohonan rindang, taman indah, dan perustakaan dengan tujuan pembentukan karakter kemandirian sipil yang berorientasi kebebasan alam raya).