Liow dalam Hamid dalam Woodward and Yayah; 2009 menegaskan bahwa “Throughout the region they are centers of muslim education and culture. In Indonesia, the term santri is used to refer to observant muslims in a general sense, but its core meaning is muslim student.”
Pada konteks ini, santri sebagai warga pesantren menjadi subjek sekaligus objek untuk melatih ekologinya dalam membangun peradaban sosial budaya dan keberagamaan di masa mendatang. Hal yang paling mudah ditemukan dewasa ini adalah fenomena kelas social dalam konteks warga pesantren. Bahwa jika sudah memiliki madrasah atau pesantren, maka akan terbangun sekat secara otomatis dalam hubungan sosialnya. Hal ini justru berbanding terbalik dengan apa yang dikatakan oleh Gus Dur, di mana pesantren adalah pusat sistem subkultur. Artinya, dalam konteks budaya Jawa (baca: Nusantara), pesantren adalah ruang yang bebas bagi siapa pun, jika ada kiai sebagai pusat kurikulumnya, itu adalah bagian dari sistem, tetapi jika harus ada sekat sosial yang membatasinya, maka tidak sejalan dengan apa yang dikatakan oleh Gus Dur (“Pesantren System as the Core of a Javanese Subculture”, Abdurrahman Wahid 1974:40-47).
Pesantren digaungkan sebagai ruh pendidikan yang berangkat dari social interaction (komunikasi sosial) yang mana nilai-nilai itu diambil dari teks-teks kitab kuning yang dipelajari lalu dibaurkan dengan komunitas keberagaman dan keberagamaan yang ada dalam satu wilayah tertentu. Hal ini tentu sejalan dengan manhaj al-fikrnya Ahlussunnah Waljamaah (Aswaja): tasammuh. Toleransi dalam keberagamaan dan keberagaman adalah wujud dari nilai-nilai ajaran pesantren itu sendiri.