Dan pada masa Kang Said menjadi Ketua Umum PBNU pula konsep ini berkembang menjadi Islam Nusantara. Islam Nusantara bukanlah aliran baru, bukan ajaran baru, tetapi sebuah metode memahami agama dalam interaksinya dengan kebudayaan Nusantara. Konsep Islam Nusantara merupakan ajaran Aswaja yang dibawa oleh Wali Songo kemudian terus dikembangkan oleh ulama-ulama NU di atas hingga mewujud dalam bentuknya saat ini.
Gagasan Islam Nusantara tersebut mulai menjadi porsi bahasan tersendiri yang serius pada diskusi Pra-Muktamar ke-33 NU di Makassar, Sulawesi Selatan, pada 2015 yang bertema “Islam Nusantara sebagai Islam Mutamaddin Menjadi Tipe Ideal Dunia Islam.” Saat itu panitia menghadirkan sejumlah nara sumber, antara lain pakar ushul fiqh yang juga Katib Syuriah PBNU KH Afifuddin Muhajir, guru besar filologi Islam UIN Jakarta Oman Fathurrahman, sejarawan Agus Sunyoto, pakar tasawuf KH Mustafa Mas’ud, dan Prof DR Azhar Ibrahim Alwee dari National University of Singapore.
Oman yang setuju dengan istilah itu mengatakan, ada kesalahpahaman ketika sejumlah orang menolak pelabelan “Nusantara” terhadap Islam. Menurut mereka, Islam adalah Islam, tak perlu labelisasi. “Padahal yang kita maksud bukan Islam yang normatif, tapi Islam empirik, yang terindegenisasi,” katanya. “Oleh kerena itu kita mencoba merumuskan sebuah kalimat, Islam Nusantara itu adalah Islam Nusantara yang empirik dan distingtif sebagai hasil interaksi, kontekstualisasi, indigenisasi, penerjemahan, vernakularisasi Islam universal dengan realitas sosial, budaya, dan sastra di Indonesia,” imbuhnya.
Menurut Oman, Islam Nusantara ada namun minim data thabaqat (biografi) yang komprehensif para tokoh muslim Nusantara setidaknya sejak abad ke-16. Hal ini berbeda dari fakta yang ada di Arab dan Persia, yang mengakibatkan bangunan sejarah keduanya sangat kokoh lantaran kekayaan sumber literasi tentang itu.
Sementara Kiai Afif yang menyoroti Islam Nusantara dari sudut pandang fikih mengatakan, istilah “Islam Nusantara” memang agak ganjil didengar lantaran Islam memang sumbernya satu dan bersifat ilahiyah. Tapi, katanya, harus diperhatikan bahwa Islam juga terealisasi dalam praktik keseharian. Artinya, selain ilahiyah, Islam juga bersifat insaniyah (manusiawi).
Karena itu, Kiai Afif menilai jika ada Islam Nusantara maka ada juga fikih Nusantara. “Fikih Nusantara adalah paham dan prespektif keislaman di bumi Nusantara sebagai hasil dialektika teks-teks syariat dan budaya, juga realitas di (daerah) setempat,” papar pengarang kitab Fathul Mujib al-Qarib ini. Salah satu wakil pengasuh Pesantren Salafiyah Syafi’iyah Situbondo ini menekankan adanya pemahaman kontekstual terhadap teks suci dengan mempertimbangkan adat lokal (urf) demi kemaslahatan tak hanya dari segi ukhrawi tapi juga duniawi.
Lebih jauh Azhar Ibrahim dari Universiti Nasional Singapura memandang Islam yang terbangun di Indonesia bisa menjadi teladan kepada negara-negara Muslim lain, termasuk warga dunia yang lebih besar. Ia mengatakan, sarjana dan pemerhati telah membayangkan bahwa Islam Nusantara akan menjadi daerah paling cerah dalam dunia Islam. Sebab, kehidupan mayoritas Muslim di Timur Tengah, Benua Kecil India, Afrika Utara dan Afrika Tengah, sedang terimpit oleh konflik dan keganasan.
Jadi dengan sederhana Islam Nusantara adalah Islam yang berciri khas Nusantara, Islam yang menghargai keberagaman, bukan Islam yang menekankan keseragaman dalam persatuan, Islam yang memiliki paham kemasyarakatan yang tasamuh, tawazun, tawashut, dan i’tidal. Serta Islam Nusantara adalah sebagai perwujudan dari Islam yang rahmatan lil alamin.