Pesantren merupakan tempat yang menjadi rujukan untuk memperdalam ilmu keagamaan. Selain ilmu agama, pesantren juga menawarkan berbagai bidang keilmuan lainnya sehingga layak disebut sebagai lembaga pendidikan yang terpadu. Terpadu, dalam hal ini bisa berarti menggambarkan pesantren yang memberikan pembekalan ilmu keagamaan, sains, dan sosial hingga ekologi.
Ekologi telah menjadi bagian yang tidak boleh dipisahkan dari perspektif Islam yang memandang fitrah manusia sebagai khalifah di Bumi. Manusia sebagai khalifah di Bumi ini bertugas untuk memakmurkan Bumi, dengan merawat dan melestariannya sehingga menjadi tempat yang nyaman dalam menunaikan perintah untuk beribadah kepada-Nya. Hal ini sejalan dengan konsep ekologi, di mana menekankan hubungan timbal balik antara manusia dengan lingkungan yang ditinggalinya.
Selama ini, pondok pesantren tidak jarang menerima stereotip negatif dari sebagian masyarakat. Pesantren diidentikkan sebagai tempat yang kumuh dan kurang memperhatikan ekologi sekitar.
Hal ini tentunya tidak sejalan dengan yang seharusnya terjadi di pesantren. Sebab, bagaimana mungkin pesantren yang telah memadukan berbagai bidang keilmuan, khususnya ilmu keagamaan dan ekologi, mendapatkan pandangan negatif yang demikian. Stereotip negatif dari sebagian masyarakat tersebut, di antaranya didasari oleh pandangan mereka terhadap penyakit scabies (gudik) yang menjadi ciri khas dari pesantren.
Menurut Kurniasari, dkk (2022) terdapat sekitar 14.798 pondok pesantren memiliki kasus scabies yang cukup tinggi. Menurutnya, penyakit scabies di lingkungan pesantren dipengaruhi oleh pola hidup yang sering bertukar barang dan kurangnya menjaga kebersihan individu maupun lingkungan pesantren.
Selaras dengan hal tersebut, penyakit scabies telah menjadi ciri khas dari pesantren, khususnya pesantren klasik yang mana seorang santri dianggap belum bisa menyerap ilmu yang ada di pesantren kecuali sudah pernah mengalami penyakit scabies.
Masalah umum lainnya yang sering terjadi di lingkungan pesantren yaitu pengelolaan sampah. Jumlah santri yang banyak tentu akan menghasilkan kuantitas sampah yang banyak juga. Tidak jarang, pengelolaan sampah hanya dilakukan dengan proses pengumpulan dan pembakaran atau sekadar pemindahan ke tempat pembuangan akhir (TPA), serta tidak melalui proses pemilahan terlebih dahulu.