Pembinaan Eco Green Pesantren biasanya dimulai dari edukasi mengenai klasifikasi sampah. Tahap ini membantu pihak pesantren untuk dapat mengenali jenis sampah yang dihasilkan. Dengan begitu, pihak pesantren dapat melakukan pemilahan terlebih dahulu sebelum dilakukan pengolahan lebih lanjut.
Misalnya, sampah organik yang kemudian dapat dimanfaatkan sebagai pupuk kompos tanaman di area pesantren. Sedangkan, sampah anorganik yang sebagian dapat dimanfaatkan sebagai produk kreatif atau sekadar dijual dan bernilai ekonomis.
Tahap selanjutnya adalah sanitasi yang menjadi perhatian utama dalam pembinaan Eco Green Pesantren. Faktanya, beberapa penyakit di lingkungan pesantren tak khayal merupakan buah dari kurang perhatian santri terhadap kebersihan dan sanitasi, baik secara individu maupun seluruh ekologi pesantren.
Program Eco Green Pesantren juga memperhatikan penghematan energi dan sumber daya. Pada umumnya hal tersebut terkait masalah dengan penggunaan air dalam skala besar di lingkungan pesantren. Terdapat dua jenis air di lingkungan pesantren, yaitu air suci menyucikan yang masih murni dan air bekas. Adapun, untuk air bekas ini terkadang masih banyak pesantren yang belum mampu memanfaatkannya, seperti air bekas wudhu yang sebenarnya masih bisa dimanfaatkan untuk air tanaman dan sebagainya. Sedangkan, air toilet yang bernajis harus menjadi kajian apakah kemudian masih bisa dimanfaatkan atau bagaimana pengelolaannya yang lebih optimal.
Saat ini, Eco Green Pesantren tidak hanya mencakup perihal sederhana, melainkan sudah menjamah pengintegrasian ilmu sains dengan ekologi pesantren. Seperti, tidak jarang beberapa pesantren sudah mampu melakukan praktik pertanian terpadu atau sekadar mengupayakan penambahan ketersediaan oksigen melalui penanaman pohon di kawasan pesantren.
Dengan demikian, penerapan Eco Green Pesantren tidak hanya menjadi solusi untuk mengatasi masalah lingkungan di pesantren, tetapi juga sebagai sarana edukasi bagi para santri. Program ini mampu meningkatkan kesadaran dan keterampilan santri dalam mengelola lingkungan dengan baik.
Lebih jauh lagi, Eco Green Pesantren dapat mendorong pesantren-pesantren lain untuk mengikuti jejak yang sama, sehingga tercipta lingkungan pesantren yang sehat, bersih, dan berwawasan lingkungan. Oleh karena itu, perlu adanya dukungan terus-menerus dari berbagai pihak, baik dari pemerintah, masyarakat, maupun internal pesantren itu sendiri, untuk mewujudkan lingkungan pesantren yang lebih baik dan berkelanjutan.