Banyak ulama besar yang dulunya nyantri kepada Kiai Hamdani di Pondok Panji ini. Selain KH Hasyim Asy’ari, yang pernah tercatat sebagai santri Pondok Panji di antaranya adalah KH Abdul Madjid, KH Ali Wafa, KH Asaad Samsul Arifin, KH Alwi Abdul Aziz, KH Usman Ishaqi, KH Nawawi, KH Barizi, KH Abdul Karim Lirboyo, KH Sahal (pendiri Gontor Ponorogo), dan KH Ridwal Abdullah (pencipta lambing NU).
Pada pertangan abad ke-19, sekitar 1840-1845, merupakan puncak keemasan Pondok Panji. Santrinya hingga mencapai ribuan. Mereka datang daru berbagai daerah, seperti dari Sidoarjo sendiri, Pasuruan, Surabaya, Gresik, Madura, Probolinggo, Lumajang, Banyuwangi, dan daerah-daerah lainnya. Namun, karena berbagai sebab, pondok ini sempat vakum sekitar tiga tahun, pada 1997-2000.
Setelah tahun 2000, generasi kedelapan dari kerutunan Kiai Hamdani mulai menghidupkan kembali kegiatan Pesantren Al Hamdaniyah, dengan tetap mempertahankan metode pembelajaran yang sudah diwariskan pendirinya selama 233 tahun. Meskipun begitu, Pondok Panji tidak menutup diri terhadap perkembangan zaman. Misalnya, saat ini juga sudah ada sekolah formal, misalnya SMP dan SMA yang mengadopsi kurikulum pendidikan nasional. Namun, ciri khasnya sebagai pesantren salaf tak pernah hilang. Pondok Panji telah menjadi simbol peneguhan tradisi santri.