Untuk memahami konteks hari ini, kita perlu sedikit menengok sejarah karena gerakan Islam radikal di Indonesia bukanlah fenomena baru tetapi sudah hadir sejak zaman kolonial. Dan salah satu ciri yang sangat penting adalah bahwa semua gerakan Muslim radikal di Indonesia, baik yang ada saat ini maupun yang ada di masa lalu berakar pada gerakan “reformasi” di Timur Tengah.
Wahhabisme, interpretasi yang sangat ketat yang bertujuan untuk kembali ke hakikat Islam yang sebenarnya seperti yang dipraktikkan pada zaman nabi Muhammad, didirikan oleh Muhammad ibn Abd al-Wahhab di Arab Saudi pada pertengahan abad ke-18. Pemurnian Islam akan memperkuat posisi Islam dari kekuatan Barat yang berkembang di seluruh dunia. Sekitar tahun 1800, haji Indonesia (Muslim yang telah berhasil menyelesaikan haji ke Mekkah) tiba kembali di Nusantara setelah haji, membawa ideologi Wahabi ini dan bertujuan untuk menghidupkan kembali Islam Indonesia. Bukan kebetulan Wahhabisme menyebar ke seluruh Nusantara pada masa ketika Belanda mulai memperluas peran politiknya di wilayah ini.
Gerakan radikal lain yang akan banyak berpengaruh di Indonesia adalah gerakan Salafi yang bermula dari Mesir pada akhir abad ke-19 (sebagai respons terhadap imperialisme Eropa Barat). Ideologinya pada dasarnya sangat mirip dengan Wahhabisme, menganjurkan kembalinya tradisi salaf (tiga generasi pertama Muslim, termasuk Nabi Muhammad) untuk mencari bentuk Islam yang murni.
Ideologi Salafi menolak inovasi agama dan mendukung penerapan syariat (hukum Islam). Gerakan ini sering dibagi menjadi tiga kategori, yaitu (1) puritan yang menghindari politik, (2) aktivis yang terlibat dalam politik, dan (3) jihadis yang menganjurkan perjuangan bersenjata untuk mengembalikan gerakan Islam awal. Sementara para jihadis ini sebenarnya merupakan minoritas, merekalah yang paling mendapat perhatian di media.
Kontak dengan Timur Tengah ini adalah kunci dalam menyebarkan bentuk-bentuk Islam yang lebih ketat ke Indonesia. Ketika Terusan Suez dibuka pada tahun 1869, tidak hanya perjalanan ke Eropa meningkat secara signifikan, tetapi kontak dengan pusat-pusat keagamaan di Timur Tengah juga meningkat. Tidak hanya jumlah jemaah haji Indonesia yang bertambah, tetapi juga semakin banyak orang Indonesia yang belajar di Mesir atau Arab Saudi. Sebaliknya para pendatang dari Arab mendirikan organisasi-organisasi yang dipengaruhi Salafi di Nusantara, misalnya Al-Irsyad (Persatuan Reformasi dan Bimbingan) dan Persatuan Islam (Persis) di Jawa Barat, keduanya mempromosikan pemurnian Islam.