Kedua, kebijakan Orde Baru yang meminggirkan pesantren. Proses peminggiran pesantren ini dimulai dengan penyingkiran kiai-kiai pesantren di medan politik yang tidak mau mendukung Golkar. Banyak kiai pesantren yang menerima intimidasi dan persekusi oleh emerintah Orba Baru, seperti Abuya Dimyati Pandeglang dan beberapa kiai lain yang sampai menerima siksaan fisik.
Selain secara politik, peminggiran pesantren juga dilakukan dengan pemaksaan penerapan modernisasi secara brutal. Karena pesantren dianggap sebagai kelompok tradisional, katrok, tidak sesuai (kompatible) dengan budaya dan sistem modern, maka boleh dilindas dan ditinggalkan. Akibatnya selama pemerintahan rezim Orde Baru pesantren berada di pinggiran.
Akibat marginalisasi pesantren ini, hampir seluruh kapital ekonomi yang dimiliki pesantren hilang, sehingga pesantren tidak memiliki kekuatan ekonomi. Hilangnya kapital ekonomi sempat menggangu kemandirian pesantren. Lebih-lebh dengan maraknya budaya pragmatis dan materialistis yang ada di masyarakat, yang mengukur segala sesuatu secara material dan ekonomis.
Meski demikian, hal ini tidak sampai merusak apalagi menghilangkan idependensi pesantren. Nilai-nilai dan tradisi pesantren yang menopang kemandirian tidak hilang, tetapi justru tetap eksis. Meski kapital ekonomi pesantren habis, namun kapital lain, yaitu kapital sosial, kultural, dan simbolik masih tetap dimiliki oleh pesantren.
Ke depan, ketiga kapital inilah yang dapat dikembangkan dan digali untuk menjaga kemandirian pesantren. Menurut Bourdieu (1986), ketiga kapital itu dapat dikonversi menjadi kapital ekonomi. Kini tinggal meiningkatkan skill para pengelola pesantren agar dapat memanfaatkan kapital sosial, kultural, dan simbolik secara efktif dan akurat. Jika hal ini dapat terwujud, maka kemandirian pesantren akan dapat terwujud secara utuh.