Ia juga telah menerbitkan sejumlah karya ilmiah. Di antaranya, Politik Islam di Jawa; Wali Songo dalam Sejarah Tutur Masyarakat Pesisir Jawa (Hasil Penelitian atas Sponsor dari Ford dan ATL, 1997); Paradigma Kritis Pendidikan Islam; Dekonstruksi Atas Dogmatisme Pendidikan Islam, 1996; Reformasi Pemikiran (Penerbit LKPSM, Yogyakarta, 1998); Gus Dur Siapa Sih Sampean; Tafsir Teoritik Atas Tindakan dan Ucapan Gus Dur (Penerbit Erlangga, Jakarta, 1999); Gerakan Islam Simbolik; Politik Kepentingan FPI (LKiS, Yogyakarta 2006); Kelas Ongkang-ongkang:Agama: Studi Terhadap Kapitalisasi Simbol Agama Komunitas Pesantren (Disertasi, 2009); dan Muhasabah Kebangsaan (Penerbit Compass, Ciputat, 2020). Terakhir, Kang Zastrouw menerbitkan buku berjudul Menggali Api Pancasila, yang merupakan etnografi kehidupan berpancasila di berbagai pelosok Nusantara.
