Dalam rapat tersebut, sebenarnya kalangan pondok pesantren sudah berniat untuk memulai aktivitas pendidikan pada bulan Syawal atau pasca-Lebaran, yang kebetulan biasanya menjadi tahun ajaran baru di pesantren. Namun, karena kondisi belum kondusif dan protokol kesehatan di lingkungan pesantren belum memadai, rencana itu diurungkan. Jika dipaksanakan, dikhawatirkan pondok pesantren justru akan menjadi kluster baru penyebaran Covid-19.
Karena itu, dalam rapat tersebut para pemimpin pondok meminta kepada pemerintah harus juga memikirkan keberlangsung pendidikan di pesantren. Saat ini, di seluruh Indonesia ada 28 ribu pondok pesantren di bawah RMI NU dengan jumlah santri mencapai 18 juta orang dan jumlah guru/ustadz 1,5 juta orang. Pendidikan di pondok pesantren tak bisa dibiarkan terlalu lama mati suri. Jika dibiarkan mati suri dalam waktu lama, tak hanya merugikan bagi kalangan pesantren, tapi justru membahayakan bagi negara.
Atas dasar itulah, dalam penerapan kebijakan “New Normal”, pemerintah diminta juga mengikutkan pondok pesantren. Misalnya, pendidikan di pondok pesantren dimulai lagi dengan syarat pemerintah menyiapkan sarana dan prasarana untuk “New Normal” sesuai dengan standar protokol Covid-19. Di antaranya, disiapkan Pusat Kesehatan Pesantren (Puskestren) beserta tenaga dan alat medis, MCK standar protokol Covid -19, wastafel portabel, penyemprotan disinfektan, alat pelindung diri (APD), alat rapid test, hand sanitizer, dan masker. Juga ada kebutuhan untuk penambahan lokal, ruang karantina, isolasi mandiri, ruang asrama, dan ruang kelas.
Sebab, pada kenyataannya, kondisi lingkungan pondok pesantren memang masih jauh dari memadai untuk memenuhi syarat protokol kesehatan. Misalnya, MCK atau tempat berwudlu biasanya terbuka dan digunakan bersama-sama. Dapat dan tempat makan juga begitu. Bahkan, satu kamar biasanya dihuni dan untuk tidur bersama-sama oleh banyak santri. “Kondisi ini yang harus juga dipikirkan oleh pemerintah,” kata Muhaimin Iskandar.
“Kami menilai pengalokasian anggaran khusus untuk pemulihan kegiatan belajar mengajar di pesantren layak dilakukan karena bagaimanapun juga kita tidak ingin pendidikan di pesantren menjadi terhenti karena wabah Corona,” lanjutnya.
Kementerian Agama, pada Rabu (27/5/2020) memang telah megeluarkan protokol santri untuk kembali ke pondok pesantren di situasi “New Normal”. Protokol ini terbagi dua, yaitu ketika santri melakukan persiapan dari rumah dan tiba di pesantren. Namun, protokol yang diterbitkan Kemenag tersebut tidak menyangkut soal sarana dan prasarana, karena sebatas bagaimana seharusnya santri mempersiapkan diri agar tak tertular viris Corona.