Namun begitu, kepatuhan santri tentu tidak tanpa batas. Sebagaimana diingatkan KH Baha’uddin Nursalim (Gus Baha’), bahkan Nabi Musa pun pernah mempertanyakan tindakan gurunya, Nabi Khidir. Pertanyaan itu bukanlah suatu hal pembangkangan, melainkan upaya menjaga keseimbangan antara akal dan ketaatan. Dalam pesantren pun, kepatuhan selalu menyertakan kesadaran moral, bukan ketaatan yang membuta-tuli.
Dalam refleksi yang sama, Ismail Fajrie Alatas juga menulis, bahwa liberalisme, egalitarianisme, dan otonomi diri, sejatinya hanyalah “sebuah tradisi di antara berbagai tradisi.” Namun, sebagian kalangan liberal telah lupa, bahwa dirinya juga hidup dalam ruang tradisi tertentu. Mereka menganggap pandangan mereka adalah universal, padahal setiap pandangan berpijak pada konteks dan sejarahnya sendiri. Pertentangan antara modernitas dan tradisi sering kali macet di sini, keduanya sama-sama berbicara dari sistem nilai yang berbeda.
Kritik terhadap pesantren tentu perlu, terutama bila ada penyimpangan moral yang dilakukan oleh oknum kiai. Namun, mengeneralisasi penyimpangan sebagai ciri sistemik pesantren jelas tidak adil. Kritik yang lahir tanpa adanya crosscheck dan empati hanya akan mengulang kesalahan modernitas, yakni merasa netral, padahal bias. Seperti yang diingatkan Alatas, “menjadi terdidik bukan sekadar kemampuan mengkritik, tetapi kesadaran akan keterbatasan diri dan kerendahan hati untuk belajar dari yang lain.”
Pada akhirnya, menyebut pesantren sebagai lembaga yang melanggengkan praktik feodalisme adalah sebuah kesalahan konseptual yang lahir dari miskonsepsi bahasa dan dangkalnya pemahaman publik terhadap tradisi. Perlu disampaikan sekali lagi, bahwa relasi kiai-santri tidak bisa disamakan dengan hubungan bangsawan dan rakyat. Ia merupakan ikatan spiritual yang menempatkan ilmu di atas segalanya.
Sebagai penutup, seperti yang disampaikan Alatas dalam refleksi yang sama, “apa yang kita pelajari tak akan pernah sepenuhnya kita pahami. Pesona kehidupan selalu lebih besar dan rumit daripada keterbatasan akal kita.”