Munculnya isu terorisme telah meresahkan kalangan pesantren, karena isu tersebut telah menimbulkan stigma negatif bagi kalangan pesantren. Atas dasar ini kemudian muncul polemik di kalangan masyarakat mengenai keterlibatan pondok pesantren dalam gerakan teror.
Beberapa pihak menentang rencana aparat untuk melakukan penyelidikan dan penggeledahan pesantren, karena dianggap melecehkan pesantren sebagai lembaga pendidikan agama yang sakral dan perlu dilindungi. Sementara pihak berpendapat, demi penegakan hukum dan untuk membuktikan ketidakterlibatan pesantren dalam gerakan teroris, maka boleh saja polisi melakukan penggeledahan terhadap pesantren yang dicurigai asal dilakukan dengan prosedur yang benar dengan tetap menghargai etik pesantren. Akibatnya, perdebatan mengenai teorisme beralih dari isu kejahatan kemanusiaan menjadi isu agama.
Pertanyaan yang muncul kemudian adalah, apakah benar pesantren menjadi sarang teoris? Bagaimana seharusnya kalangan pesantren menanggapi dan menyikapi tudingan tersebut? Pertanyaan ini penting untuk dijawab guna menghindari terjadinya stigmatisasi terhadap dunia pesantren. Jawaban atas pertanyaan ini akan memperjelas hubungan antara pesantren, gerakan Islam dan terorisme, dan dengan demikian akan dapat meminimalisasi keresahan kalangan pesantren berkaitan dengan munculnya isu terorisme. Disamping itu, juga dapat meluruskan kesalahpahaman masyarakat terhadap kelompok pesantren.
Basis Perjuangan
Pondok Pesantren merupakan lembaga pendidikan yang unik, tidak saja karena keberadaannya yang sudah sangat lama, tetapi juga karena kultur, metode, dan jaringan yang diterapkan oleh lembaga agama tersebut. Karena keunikannya, Clifford Geertz menyebutknya sebagai subkultur masyarakat Indonesia (kususnya Jawa).
Pada zaman penjajahan, pesantren menjadi basis perjuangan kaum nasionalis-pribumi. Banyak perlawanan terhadap kaum kolonial yang berbasis pada dunia pesantren. Pesantren sebagai pendidikan keagamaan memiliki basis sosial yang jelas, karena keberadaannya menyatu dengan masyarakat.
Ketika lembaga-lembaga sosial yang lain belum berjalan secara fungsional, maka pesantren menjadi pusat aktivitas sosial masyarakat, mulai dari orang belajar agama, bela diri, mengobati orang sakit, konsultasi pertanian, mencari jodoh, sampai pada menyusun perlawanan terhadap kaum penjajah— semua dilakukan di pesantren yang dipimpin oleh seorang kiai.