Meskipun begitu, Pondok Pesantren al Ihya Ulumaddin tetap mempertahankan sistem pendidikan pesantren salafi model bandungan dan sorogan.Sederet kitab kuning tetap menjadi mata ajar utama, yang wajib bagi tiap santri, terutama yang berkaitan dengan ilmu fikih, tasawuf, akhlak, dan nahwu sorof. Dengan demikian, Pondok Pesantren al Ihya Ulumaddin terbilang sebagai salah satu pesantren tertua yang tetap mempertahankan sistem tradiosional namun telah mengadopsi atau mengkombinasikan dengan sistem pendidikan modern.
Sebagai gambaran, misalnya, Pondok Pesantren al Ihya Ulumaddin tetap mempertahankan sistem ngaji sorogan, takror, bandungan. Selain itu, masih ada pengajian dan tahfidzul al-Quran, muhafadzoh kutub an-nahwiyah, sholawat al-Barzanji, serta mujahadah dan riyadloh. Untuk pendidikan madrasah nonformal, ada Madrasah Diniyah Nahdlatuth Thullab Tingkat Ulaa dan Madrasah Diniyah Nahdlatuth Thullab Tingkat Wustho. Untuk pendidikan formal, ada MTs dan SMP, MA dan SMA, serta Institut Agama Islam Imam Ghozali.
Meskipun tetap mempertahankan tradisi salaf, Pondok Pesantren al Ihya Ulumaddin ini telah dilengkapi dengan berbagai fasilitas yang cukup modern.