Selama kepemimpinannya sebagai Presiden Indonesia, Gus Dur terus memperjuangkan nilai-nilai keberagamaan yang inklusif. Ia menekankan pentingnya menghormati hak-hak minoritas dan melindungi kebebasan beragama. Keberagamaan bagi Gus Dur bukan hanya tentang praktik ritual, tetapi juga tentang menjaga keadilan sosial dan mengedepankan hak asasi manusia.
Gus Dur menghadapi berbagai tantangan dalam mempertahankan visi keberagamaannya. Pada masa pemerintahannya, Indonesia mengalami ketegangan antaragama yang cukup serius. Namun, Gus Dur tetap teguh pada prinsip-prinsip keberagamaan yang menghargai keragaman. Beliau secara aktif terlibat dalam meredakan konflik dan mempromosikan dialog antaragama sebagai sarana untuk memahami dan menghormati satu sama lain.
Tak hanya di tingkat nasional, Gus Dur juga berkontribusi pada keberagamaan di tingkat internasional. Beliau menjadi pelopor dalam membangun dialog antaragama dan antarbudaya. Gus Dur meyakini bahwa pertemuan dan diskusi lintas agama dapat membentuk pemahaman bersama yang lebih dalam, membuka pintu untuk kerjasama yang lebih baik di berbagai bidang.