Lingkungan pesantren pada umumnya terdiri atas ndalem (rumah kiai), masjid jika digunakan untuk salat Jumat dan musala atau langgar jika tidak digunakan salat Jumat, juga terdiri atas ruang tidur, ruang belajar, ruang untuk memasak, kolam atau ruang untuk mandi dan berwudhu. Mayoritas santri menetap di pesantren sepanjang hari dan hanya keluar jika ada keperluan untuk pergi ke pasar ataupun bekerja untuk membantu warga. (Steenbrink, 1994,15).
Kiai merupakan figur yang paling penting dalam dunia pesantren. Kiai sebagai pengasuh pesantren merupakan faktor yang sangat menentukan perkembangan maju atau mundurnya sebuah pesantren.
Menurut tradisi pesantren, kecerdasan seorang kiai diukur dengan seberapa banyak kiai tersebut telah membaca dan mempelajari kitab dan kepada ulama mana ia berguru (Huda, 2015,307). Semakin besar nama guru seorang kiai, maka semakin besar pula pengaruhnya terhadap para santri dan masyarakat.
Walaupun secara hierarkis kiai menempati posisi tertinggi dalam sebuah pesantren, akan tetapi dalam relasi kuasa, menurut Foucault, kiai bukan pemegang otoritas mutlak. Relasi kuasa dalam pesantren juga terdistribusi dalam berbagai mekanisme disiplin, melalui jadwal harian santri, misalnya. Dari bangun sebelum subuh, salat berjamaah, pengajian kitab kuning, kelas formal, hafalan, hingga mujahadah malam, aktivitas santri diatur dalam sebuah sistem rutinitas yang ketat. Selain itu, sesama santri juga terlibat dalam pengawasan horizontal yang bertujuan untuk mengatur santri lainya agar sesuai dengan rule yang ada.
Sistem pendidikan dalam pesantren belum mengenal pembagian kelas-kelas. Para santri dikategorikan dalam tiga tingkatan. Pada tingkatan pertama, santri diajarkan mengenai kitab-kitab sederhana baik sebagai isi ataupun bahasanya. Tingkatan kedua diajarkan mengenai ilmu alat, seperti nahu, saraf, dan ilmu bahasa Arab yang lain. Pada tingkatan ketiga atau tingkatan tertinggi, para santri diajarkan ilmu-ilmu seperti fikih, ushul fikih, tafsir, hadis, ilmu kalam, dan tasawuf, sehingga mereka memiliki keahlian dalam bidang keilmuan tersebut.
Pengajaran dalam pesantren dilakukan melalui dua metode, yaitu sorogan (individual) dan bandongan (kolektif). Metode pertama dilakukan dengan cara santri menghadap kepada kiai yang akan membacakan beberapa baris dari ayat Al-Qur’an atau kitab kuning yang diterjemahkan dalam bahasa lokal, kemudian santri mengulanginya demi kata perkata sama seperti yang dilakukan seorang kiai. Metode ini cukup efektif untuk menunjang pemahaman santri pemula, karena sang kiai dapat memantau dan memberikan bimbingan secara langsung. Pada dasarnya hanya santri yang telah menguasai metode sorogan sajalah yang akan merasakan keuntungan dalam metode bandongan.
Yang kedua adalah metode bandongan. Dalam metode ini, santri mendengarkan seorang kiai yang membacakan, menerjemahkan, dan menjelaskan kitab-kitab kuning. Dalam metode ini para santri tidak harus menunjukkan bahwa dirinya paham dengan apa yang disampaikan oleh sang kiai. Oleh karena itu, metode ini cocok digunakan untuk tingkatan menengah dan tingkatan tinggi saja (Huda, 2015,310).
Sekolah Belanda
Masuknya pemerintahan kolonial Belanda tidak hanya membawa perubahan pada aspek sosial, politik, dan ekonomi, melainkan dalam hal pendidikan juga. Pendidikan kolonial ini sangat berbeda dengan pendidikan Islam tradisional. Tidak hanya dalam segi sistem dan metodenya, tetapi lebih khusus pada tujuan dan orientasinya.
Pendidikan yang dikelola pemerintah kolonial ini jelas berorientasi pada pengetahuan umum yang sifatnya duniawi. Sedangkan, pendidikan Islam tradisional lebih berfokus pada pengetahuan dan keterampilan yang berguna bagi penghayatan agama.
Pada masa pemerintahan kolonial Belanda, sistem pendidikan dibentuk secara hierarkis dan diskriminatif, di mana jenis sekolah dibedakan berdasarkan ras dan kelas sosial. Pemerintah kolonial hanya memberikan akses pendidikan kepada kalangan tertentu yang dianggap “layak” untuk mendukung kepentingan administrasi kolonial.
Europeesche Lagere School (ELS), misalnya, merupakan sekolah dasar yang ditujukan khusus bagi anak-anak Eropa. Kurikulumnya mengikuti sistem pendidikan Belanda di negeri asalnya, dengan standar tinggi dan berbasis ilmu pengetahuan Barat (Poerbakawatja dan Harsojo 1976, 97).