Oleh karena itu, kasus-kasus yang menimpa pesantren belakangan ini harus ditangani secara serius. Kasus yang menimpa Pondok Pesantren Modern Darussalam Gontor harus ditangani semaksimal mungkin agar tidak terjadi kembali. Satu hal yang harus diputus dalam kasus kematian salah satu santri Gontor adalah kekerasan dan senioritas yang ada di pesantren. Di mana dalam menerapkan kultur pendidikan tidak diperbolehkan adanya senioritas dan rasa merendahkan.
Maka adaptasi nilai pesantren sebagai subkultur, sebenarnya akan mengubah budaya-budaya senioritas yang ada dalam pondok pesantren itu sendiri. Tindakan-tindakan kekerasan akan secara berkala diubah menjadi tindakan kelembutan dan saling menolong. Misalnya, antarsantri saling bekerja sama untuk memecahkan suatu persoalan. Atau, misalnya, antarsantri menciptakan lingkungan yang nyaman untuk semua orang yang tinggal dalam satu atap pendidikan pesantren.
Mengkaji lebih dalam subkultur yang ada dalam pesantren, berarti akan mengkaji lebih dalam nilai-nilai kepesantrenan yang dititipkan oleh para pendahulu. Para kiai yang memutuskan untuk mendirikan pondok pesantren tentunya memiliki harapan besar pada lembaga pendidikan tersebut. Maka proses revitalisasi subkultur adalah langkah yang nyata untuk menghidupkan pondok pesantren dan menggusur citra negatif yang menimpanya.