Oleh karena itu, santri tidak hanya dituntut mampu membaca teks Arab, melainkan juga menguasai berbagai ilmu alat seperti nahu, saraf, balaghah, mantiq, ushul fikih, hingga kaidah-kaidah fikih.
Dalam suasana pengajian bandongan atau sorogan, isykal sering kali menjadi bagian yang paling menarik. Ketika seorang santri mengangkat tangan untuk menyampaikan kebingungannya, pengajian berubah menjadi ruang diskusi yang hidup. Kiai kemudian menjelaskan maksud penulis kitab, menunjukkan hubungan antara satu pembahasan dengan pembahasan lain, bahkan menghadirkan pendapat ulama dari kitab yang berbeda sebagai pembanding. Tidak jarang satu kalimat yang tampak sederhana justru melahirkan diskusi panjang yang membuka wawasan para santri.
Di sinilah letak keindahan tradisi pesantren. Santri tidak dibiasakan menerima ilmu secara instan. Mereka dilatih untuk sabar menelusuri setiap persoalan, mencari sebab munculnya perbedaan pendapat, serta memahami alasan yang melatarbelakanginya. Budaya ini membentuk karakter ilmiah yang sangat penting, yaitu tidak tergesa-gesa dalam mengambil kesimpulan.
Tradisi mengurai isykal juga mengajarkan adab dalam mencari ilmu. Ketika menemukan bagian kitab yang tampak bertentangan dengan pemahaman sebelumnya, seorang santri tidak langsung menyalahkan kitab ataupun penulisnya. Ia terlebih dahulu melakukan tabayyun, membuka kitab syarah, berdiskusi dengan teman, lalu meminta penjelasan kepada guru. Sikap seperti ini menunjukkan bahwa kerendahan hati merupakan bagian yang tidak dapat dipisahkan dari proses belajar.
Tidak sedikit santri yang mengaku bahwa pemahaman terbaik justru lahir setelah bergulat cukup lama dengan sebuah isykal. Kesulitan yang semula terasa membingungkan perlahan berubah menjadi pelajaran yang paling diingat. Pengalaman seperti inilah yang menjadikan ilmu terasa lebih bermakna, karena diperoleh melalui proses berpikir, bukan sekadar menerima jawaban.